工贸署会根据接获完整及有效申请的日期及时间，以先到先得方式顺序处理申请¹。在正常情况下，工贸署于收到填写妥当并附有全部所需证明文件的申请当日起计的30个完整工作日内会完成审理程序²。申请企业须确保申请夹附本申请指引所载的相关证明文件。就终期拨款申请而言，申请企业除参考申请指引提交证明文件外，亦应按首期拨款申请结果通知书提交其终期拨款申请所需的任何额外资料。企业可能会因未有提供所需证明文件而延误其申请的处理。如部份所需证明文件未能于申请限期前齐备（例如须由海外机构发出正式收据），申请企业可先行于限期前递交填妥的申请表格，或参考首期拨款申请结果通知书的要求先行递交终期拨款申请，并解释为何某份文件从缺以及注明何时可提交。工贸署会在申请企业补交所欠文件后处理其申请。

一般而言，工贸署会以平邮方式通知申请企业有关申请结果（不论成功与否）。申请企业必须于提交申请时清楚要求，方可获工贸署寄回申请企业提供的证明文件正本。成功申请的企业会同时获发核准政府资助。资助会以申请企业名称为抬头人的划线支票发放。首次成功申请首期拨款的企业亦会收到由工贸署签署的资助协议一份以备记录。如申请不获批，申请企业亦会透过工贸署发出的「退回发放资助申请通知书」获知结果。

工贸署无论在任何时候，均保留最终权利，对获批申请进行复检，并在恰当的情况下调整申请企业可获得的资助。倘出现此情况，工贸署会正式通知有关申请企业，申请企业须退还全部或部份资助予工贸署。