工貿署會根據接獲完整及有效申請的日期及時間，以先到先得方式順序處理申請。在正常情況下，工貿署於收到填寫妥當並附有全部所需證明文件的申請當日起計的30個完整工作日內會完成審理程序¹。申請企業須確保申請夾附本申請指引所載的相關證明文件。就終期撥款申請而言，申請企業除參考申請指引提交證明文件外，亦應按首期撥款申請結果通知書提交其終期撥款申請所需的任何額外資料。企業可能會因未有提供所需證明文件而延誤其申請的處理。如部份所需證明文件未能於申請限期前齊備（例如須由海外機構發出正式收據），申請企業可先行於限期前遞交填妥的申請表格，或參考首期撥款申請結果通知書的要求先行遞交終期撥款申請，並解釋為何某份文件從缺以及註明何時可提交。工貿署會在申請企業補交所欠文件後處理其申請。

一般而言，工貿署會以平郵方式通知申請企業有關申請結果（不論成功與否）。如申請企業要求，工貿署亦會將該企業提供的證明文件正本寄回。成功申請的企業會同時獲發核准政府資助。資助會以申請企業名稱為抬頭人的劃線支票發放。首次成功申請首期撥款的企業亦會收到由工貿署簽署的資助協議一份以備記錄。如申請不獲批，工貿署會在通知書中解釋原因。

工貿署無論在任何時候，均保留最終權利，對獲批申請進行覆檢，並在恰當的情況下調整申請企業可獲得的資助。倘出現此情況，工貿署會正式通知有關申請企業，申請企業須退還全部或部份資助予工貿署。