根據核准項目建議書中列明的現金流預算，資助撥款一般分兩期或三期發放。第一期撥款將於獲資助機構與政府簽訂項目協議後發放。
 
隨後的撥款會於進度報告及經審計帳目獲接納後發放。資助撥款的發放期數、進度報告及經審計帳目的提交日期，均會在項目協議內清晰列明。